SSRのデータ解析

お久しぶりです。

ご挨拶は、そこそこに、SSRのデータ解析の覚書をば（だって、ごちゃごちゃ言っている間に、忘れそうで）。

解析の流れとしては、

個体ベースでのクラスタリング（きれいな図でout put）→適切なK（集団数）の判定→集団の遺伝的距離→集団の系統樹　を示したい。



まいどのごとく、お世話になったHPは、以下の通りです。

★主にSTRUCTURE用のデータセット作成に関して。その他のソフトへの入力データ作成の方法も親切に教えてくれます。
http://noah.ees.hokudai.ac.jp/envmi/lab_higashi/manual/index.html


★遺伝子解析に関するソフト全般を広範囲に紹介。1周してからも一遍見ると、なるほど、と、思う。
https://sites.google.com/site/takayaiwasakieuotaka/software


★特にSSRの解析について。Structure→Structure Harvester→CLUMPP→distructというフローで解析するながれの紹介。CLUMPPはLinaxなのか・・・。Rで、なんとかしたい。
http://blog.goo.ne.jp/kosa_in_goo/e/75619a6a395121e44a80246cf2215eba

★その名の通り、
How to run Structure, Structure Harvester, CLUMPP, and Distruct　の流れを簡単に解説
http://populationgeneticsnotes.blogspot.jp/2013/07/how-to-run-structure-structure.html

★Tutorial of the STRUCTURE　softwareとなっていて、確かにSTRUCTUREの使い方が一番詳しいです。Kをどうやって判断するのかについても解説が分かりやすい（Evanno et al. 2005. を簡潔に解説）。from Dr. Sung-Chur Sim。
http://pbgworks.org/sites/pbgworks.org/files/Tutorial%20of%20STRUCTURE%20software.pdf



です。


特にSunさんのAn example of steps to identify the best K（スライド27枚目）では、Kのあたりをつける計算（1回目のRun)で、/10K for burnin and 50K for MCMC reps　としているところなんかは、計算時間に対するもっともらしい結果を出す計算回数のコストベネフィットが、なんかリアル。Kのあたりをつけてから、もいっかい計算（2回目。RunはRun STRUCTURE w/500K for burnin and 750K for MCMC reps 20 timesを推奨してる）とか、周りにはこんな丁寧な計算してるの見たことないんですけど・・・。最初から多めに計算して、1回で済ましてる感じが。


でも、多少の時間をかけるだけ（パラメーターセットして、あとはお茶を飲むとか追加実験するとか）なんだから、明日、提出・・・とかでなければ（オイ(´Д｀)）、確認のためにもやったほうがいいなぁ。

ちなみにうちのデータでは、Structure Harvesterで計算したΔKのグラフはこんな感じ

えっと・・。K=2ってこと？？？希望（オイ(´Д｀)）はK=4なんですけど・・・。（ちなみにK=1-10,100K for burnin and 100K for MCMC reps、1回だけ）

ふぅん。

K=2の個体ベースのグラフをWEB上の　structure plot（Structure Plot v2.0 BETA）でちょっと直してみる。　http://omicsspeaks.com/strplot2/

データセットは、

１）structure harvesterの結果ファイルの中から、K2.indfile　を探して、エクセルで開く
２）この時、データがずれないように注意（なんか（１２）とかって入ってて、ずれてた）
３）列名を”group","gene",P1,P2・・・とかにする。
４）保存形式はcsvで（古いバージョンではtxtだった）。

で、データ作成。アップロード。グラフ作成。

こんな感じ。色は好みで直せます。

下のバー（グループの表示？）の意味がいまいち分からないんだけど・・・。まぁ、いいか。

投稿規定・・・・が？

どうも。

投稿予定のジャーナルの投稿規定を一応確認してみたんですが、ファイル形式の指定がないのです（苦笑い）。

あらら。当たり前すぎるから指定しない？電子化が遅れているのか？ま、まさか。

ま、一般的に考えて、MS Word か PDFならOKだと思うんだけれども、


TeX/LaTeX 形式を認めているところもありました。
http://www.natureasia.com/ja-jp/nchem/guide-to-authors/submit



るまんどは、原稿作成の際にはMSを常用しているのですが、Excelからの表の挿入に手間取っておりまして・・・。

１ページを使うような大きな表なのですが、表を載せるその１ページだけ横にしたりとか、その表を１ページにうまくおさめることができないでいました。
あちこちのHPをけっこうみたんですけど、るまんどのケースを改善してくれる方法は見つからず。

なので、電子ファイルの形式でPDFが特に問題なければ、
１）Excel中で、エクスポート→PDFドキュメントの作成
２）本文その他の原稿についても、Wordの中で、エクスポート→PDFドキュメントの作成する
３）Adobeの中で、１）、２）のファイルを開いて、挿入とかする。

で、原稿をひとつにまとめようと思って。



JSTが作成した学会が電子投稿の規定を決める際に有効なガイドラインがありました。
https://jipsti.jst.go.jp/sist/handbook/sist14/sist14.htm

あと、Natureのやつ
http://www.nature.com/nature/authors/gta/2a_Manuscript_formatting.pdf


ま、Natureなんかには出しませんけどね。
（↑、なんか、とかいって、もちろん、出せませんけどね、が正しい）


あ、ExcelからWord形式にできる機能ってないですね。あってもいいですよね？あったら便利だと思う！は０い。

登録者とコンタクトパーソン

登録者システムのイメージ

http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/submitter-j.htmlを参考に、るまんどが作図しました。

あ、どうも、るまんどです。

論文投稿に向けて、データの整理、準備をすすめているところなのですが、

DDBJにデータを登録するにあたり、登録者を決めなくてはいけなくて・・・。

このシステムでは、登録情報に責任を持つ人（登録者　submitter）を2人以上決め、その中から、主にコンタクトをとる人（コンタクトパーソン）を一人登録することになっています。

論文の共著者に、そのまま登録者になってもらえば良いのですが、

ちょっと事情が・・・。

たいしたことではないのですが、

今回のデータに関しては、半分以上が、るまんどが移籍してからとったもので、共著者である元上司１は関わっていないのです。

う～ん、なんというか、

元上司１は「そんなにデータなくてもいいやろ、さっさと投稿すれば」というスタンスだったのですが、

るまんどは「もう少し、データがあったほうがいいです」と主張して、

言ってるうちに、るまんどが移籍することになり・・・・、で、その移籍先でとったシーケンスデータがほとんどなのです。


じゃぁ、移籍先の上司２に登録者になってもらえば、というと、その上司2は諸事情で、すでに研究職にはなく、しかも、当時、るまんどはひとりで実験をしておりましたゆえ・・・（”業務”を順調に遂行できていたら、前職の研究も続けていいよと言われていた）、上司２はこのデータのことをほとんど把握しておりません。


元上司1が頼みやすい人なら、こんなに悩むこともないんですが、
この人に、頼み方を間違えると、とってもめんどうなことになるのよね・・・。


と、頼み方を思案中なのでございます。共著者なんだから、論文に出てくるデータなんだし、そんなうだうだ考えるのは無駄なんですけど。



たしかに、システム上は「登録者が一人だと、その人になにかあったら登録情報に責任を持つ人がいなくなる」ゆえの複数人制なのは理解できますが、


その分、登録する側にはいろいろ面倒なこともあるんですよ？うちだけですか？



あれだ、マンション借りるときの、連帯保証人みたいなもんですがな。
年齢を重ねると、親に頼ることもできなくなるじゃないですか、あと、いろいろあって連絡とってないとか。なんなの、あれ。頑張って連絡とって、連帯保証人になってもらっても、結局、家賃保証とかの保険にも入らされるし。あの保険はぜったい不動産屋さんにマージン入ってくるでしょう、アレ？！ねぇ、どうなの。


う～ん、うじうじ。

査読、のその後。

あけましておめでとうございます。
今年もよい年でありますように。



さて、るまんどが引き受けた査読の続きですが、編集者からメールが来て、要するに、
「 the manuscript has been declined publication ・・・・」



ということに。
(>_<)！




編集者が、投稿者に送ったメールをそのまま転送してくれたのですが、査読者は2人だったようです。え、3人じゃないのか。うちの査読された経験ではほとんど3人だったし・・・。

自分が査読した論文の他の査読を見たのは初めてですが、とても勉強になりました。他の査読者の意見を見られるのはとてもいいことだと思います。


おおむね、るまんどと同じ意見だったので、ほっと一息です。


ただ、うちよりも、もっと丁寧に、各所で細かく意見を述べられていて、同じような指摘でも、言われる方はずいぶんと印象が違うだろうと推測します。この査読者は英語圏の方なのだろうと思いますけれども（←これはるまんどのひがみ）。こういう査読なら、結果はどうあれ、もらってよかったと思うでしょう。るまんどなら、温泉につかって、3日くらいしたら、素直に受け入れられる。

いや、私もちゃんと読みましたし、どのように言おうか、締め切りが過ぎていくのもかまわず、自分の原稿もおいといて、考えましたのよ。・・・。まぁ、いいや。


実際、この査読者の意見だと、major revisionのような印象を受けますが、


2人の査読者の意見を編集者が総合的に判断しての「掲載お断り」なのか・・・

いや、ひょっとしたら、大幅修正後の新規投稿を前提としたいったんrejectなのか・・・



ああ、今更、私が気をもんでも仕方のないことなのです。
ともかく、査読者としては掲載はできないと判断したんです、あの内容では！
(>_<)



ちなみに、掲載の有無について、最終的な決定権を持つのは編集者です。
これは業界の常識だし、ほんと、
責任のがれで言ってるのではなく、場合によっては「reviewer1は好意的、rev2は批判的だけど、rev1の意見を参考に直してくれれば掲載します」ということもあります。経験談です。



査読に関して、ブログを書いてらっしゃる日本の研究者もけっこういらっしゃいますが、この方のエピソードが面白かったです。へぇ、同業者の少ない業界では、こんなこともあるのかな、と。いやしかし、この方の業界はせますぎるような。

http://d.hatena.ne.jp/naturalist2008/20090121/1232503222

続：Onenote ～macとwin版の違い

仕事で、時にはmacを、時にはwindows7を使っているのですが、

なんだかonenoteの使い勝手が違う！ということに気がつきました。

ちなみにどちらもofficeにパッケージされている有料版を使っています。

一言で言えば、Win版の便利さが、mac版には欠けている・・・・。

特に気になったのが、スクリーンショットの機能で、

win版だと、「onenoteに送る」という小さい画面が出てくるので、そこをちょっとクリックして、スクリーンショットの範囲を選べば、onenoteに保存できてとてもいいのですが、




図。「OneNoteに送る」




mac版だと、スクリーンショットをとってくれる機能がデフォルトでなくて（ないですよね？探せなかった）、onenote clipperっていうのが必要みたいなんです。しかも、そのclipperは、「onenoteに送る」ほどべんりじゃなくて。領域選択もできないよ？

図．Mac (firefox)で見たOneNote clipper

このone note clipperはMacでもWinでも使えるけど、ブラウザーによって機能が違う・・・。

図. Win(google chrome)のone note clipper。






え～。
(-_-)

もしも、私の理解不足でしたら、どなたか教えてたもれ～。


追記：このHPにあるように、OneNote Clipperの領域選択機能は firefoxでは、ついてないのです・・・。
Macでもgoogle chromeならあるのかな？
http://www.forest.impress.co.jp/img/wf/docs/693/125/html/image1.png.html


ちょっと古い記事ですが、MacとWinの比較をわかりやすく紹介しているHPがあります。
そうそう、MacのOnenoteでは「描画」もないので、「ここ、これ注目！」という落書きができません。こんなに差があったら、Macユーザーがイイと思える要素がないよ・・・・。バカ・・・。
http://applech2.com/archives/37742337.html

落としたくはないのですが。

どうも、るまんどです。

昨日、国際誌から査読の依頼が来ました。

なんで、私に依頼がきたんだろう？

author のうちの2人が知り合いなのですが（ぎょぎょぎょ）、editor には知り合いはいなくて、しかも、この論文のテクニックについては、専門ではないのです。

専門ではない・・・・、そう、少なくともこのテクニックで解析した論文は出していません。共著もない。

この手の論文の査読なら、他の何人かの顔が浮かぶし、しかも国際誌なんで、ますます私じゃなくていいだろう・・・、と。

ん？ひょっとして、authorが指名したのか？

ぬぬぬぬ。

reviewerを指名するのは、別に珍しいことではないので、あるかもしれない。
（もちろん、その指名通りにいかないことも多いから、「無礼には当たらない」程度の話）

まぁ、依頼のなにそれはおいといて、



困ったことに、この論文が面白くないんですよ・・・。

テクニックも、もう今では新しくないし、結果もなんだか予想通りで「やっぱりね」という感じで、ここも新しさがない。

う～ん。
この国際誌に載るレベルじゃないんだよね。他の雑誌なら掲載するかもしれませんが。


少なくとも、うちは、査読するときは、建設的な意見を心がけて、できる限り落とさない方向でのレビューをします。

ある編集者には
「そこまでみてくれるとは思いませんでした」と言われたこともあります。
（ん？今思うと、これは嫌みか？）


査読結果はシステマティックに、ネットで入力するだけなので、
特に落とすときは、細かい意見はいらないと思うし、簡単なのですが、

いかんせん、

査読でリジェクトしたことないので、ツライ・・・。
そして締め切りがくる・・・、来ては去り・・・・、催促の自動メールが定期的に来る・・・。


査読が私でなければ、面白さを見つけてくれて、載ったかもしれませんよ、と思う。
（そんなコメントは書きませんが）

あ、でも、reviewerはあたし一人じゃないから、ま、いいっか。
(^_-)

UCSCのグラフをホールで手元に持ってくる方法。

ぬぬぬ。
UCSCの使い方を解説したページは多々あるが（そしていつもお世話になっています）、「あのグラフをきれーに持ってきて保存したいんだけど」っていう希望を叶えてくれる方法はほとんど公表されていない。

というわけで、るまんどが見つけた（？）方法はこちら。

１）まず、見たいグラフをUCSC上で表示させる。
２）グラフ上で、右クリックし、出てきたダイアログの”view image"を選ぶ。
３）すると、新しいタブが開いて、そこにpngファイルができています。
４）またも、右クリックして、保存するなり、コピーするなりして、自分で整理します。

どうですか、簡単でしょう？
ありがたや～。
これで、たくさんのデータが画面に収まらないときに、ちまちまスクリーンショットをとらなくてすみますよ。
ふふふ。


ポップアップが有効になっていない場合はエラーが出ます。その時は、自分のブラウザのヘルプで、ポップアップを有効にする方法を探してください。

ちなみにChrome でポップアップをブロックまたは許可する方法はこちら。

https://support.google.com/chrome/answer/95472?hl=ja

ポップアップはUCSCだけ有効にするとか、セキュリティーはしっかりしましょう。

あたらしもん好きなので２

one noteを使ってみました。
onlineの。

インストール版は、前から手元にあったのですが（MSいろいろのついでに入っていた）、別に必要もなかったので、ほったらかしでした。

でも、今回、Swayのついでに、onlineのonenoteも使ってみたわけなのですが・・・・。

こりゃ便利！だわ。
(゜Д゜)！


何がって、「onenoteに送る（画面領域）」というスクリーンショットに似た機能がありまして、エクセル画面やweb上の画面を切り取って、ノートにそのまま貼れるわけです！

ほほう。



ノートなので、ページのような感覚で、でも、1ページの広さに制限はないので、いつまでも1ページにできる（と、思う）！


論文のアブストとかもちょっと貼っておけるし、複数のアブスト並べて、自分の原稿のイントロ考えるのに便利だわ。

実験ノートとして使うなら、データの画面も貼っておける。これを使えば、プリントアウト→糊→端布のようなコピー用紙を捨てるのがなんか悲しい、というアナログ・資源の無駄が省かれる！

しかも、電子データなんだから、検索はもちのろんで簡単・・・。


ぬぬう。
これを実験ノートとして活用するのは大ありなんじゃないだろうか？
もちろん、1日分は毎日きちんとプリントアウトする、ということで。


ただし、無料版ではクリップボードへのアクセスできない旨のエラーが結構でること（win7環境ですが）や制限も多いので、本格的に実験ノートとして利用するなら、インストール版（もしくはMicrosoft Office Home and Business 2013についてるやつ）の方がいいと思います。


evernoteとOneNoteとの機能比較などはこちらの記事がわかりやすいです。
http://news.mynavi.jp/articles/2014/06/12/app_compare/

それとOneNoteの無償版をインストールする場合の注意点などはこちらを参照してください。
http://www.forest.impress.co.jp/docs/special/20140417_644022.html

るまんどの環境では、追加の経費なしでうちの希望を叶えてくれたという点で、OneNoteのほうがええですね。しかしevernoteがMac専用だと思い込んでいたうちの勘違いはどうなの。まったく。

あたらしもん好きなので、

MSのSwayをちょっと使ってみました。

WEB上で、MSのアカウントを持っていれば、今のところ無料で使えるようです。



使ってみた感想は、

良さが、全然わかりませんでした。

ごめんなさい。
(^^;)



”コンテンツ”にキーワードを入れて、

”コンテンツ”のキーワードにあわせて、入れたらどお？写真がネット上から検索されて、それ挿入できたり、

リミックスすると”コンテンツ”の配置を自動でこじゃれたものにしてくれる。


もちろん、写真は自分のフォルダとかから選べます。ネット上からひろわれてきた写真も著作権はクリアされているらしい（非商業なら？）・・・ほんとかなぁ。

使う前にイメージしていたのがxmindとかと同じ感じかなと思ったので、なんというか、


「Sway　は　おもてたんとちがう！！」
＼(-_-)ノ


という感じです。矢印書けないし。

リミックスも別にかっこよくできなかった・・・、好きな感じじゃなかったし、
（もともとExcelの配色も好きじゃないから、MSさんと趣味が合わないだけですね、きっと）

キーワードがマイナーすぎたのか、たいした写真は出てこなかったし、ほんとにこの写真は使っていいんですか？という不安は消えないし、

使用例の写真やPVを見ていると「かっこつけすぎて、おかしい世界にいっちゃった」みたいな空気に飲み込まれそうになります。なんかのパロディーのような。うどん県の副知事がもんのすごいまじめにコントやってる感じと似ているのです（→もちろん、これはるまんどの主観です）。


う～ん。とっても違和感があるのよ。


プレゼンファイルが懲りすぎて、内容が薄いのとか、見苦しいよね・・・。
学会発表でも、シュミレーションを見せるなどの必要性がない限り、アニメーションは気が散るからいらないと思っている派なのです。


どうですか。そう思いませんか。


Swayを学校で間違って使い始められちゃったら、オリジナリティーと対極の、「なんかみんな同じ感じのプレゼンのような気が、なんでデジャブ感が消えないんだろう・・・」てなことになるよ、きっと。

今だって、PPｔのプレゼンで、デフォルトの何かを使っている人のって、デジャブ感が醸し出されるもんねぇ・・・。

う～ん。


あ、ちなみに、xmindはevernoteにシンクロして（？）エクスポートできます。まぁ、pngファイルにすれば、なんにでも使えるので、便利です。

curlは使えないけど、wgetはいけるのか。そしてpath

bedtoolsインストールの続き。

http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/installation.html
の、

$ curl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.2.25.0.tar.gz > BEDTools.tar.gz
$ tar -zxvf BEDTools.tar.gz
$ cd BEDTools-
$ make

では、ファイルはダウンロードできるのに、解凍ができないようなエラーが出て、何度やってもだめでした。

curlコマンドがだめなのか、2.25.0がだめなのか今はわからないけれども、
（転送の途中でファイルが壊れたりとかするのかにゃ？）

wgetコマンドの方で、2.17.0をダウンロードしてみることにしました。
（ちなみにwgetコマンド＋2.25.0ではエラーが出マフ）


wget https://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.v2.17.0.tar.gz tar xzvf BEDTools.v2.17.0.tar.gz cd bedtools-2.17.0 make

ふつーに走ってくれた・・・・。

(-_-)


なんなんだろうねぇ・・・。まぁ、いいか。


bedtoolが入っているbedtools-2.17.0/binにパスを通す

PATH=$PATH:/home/るまんど/bedtools-2.17.0/bin

export PATH

バージョンを確認してみる

bedtools --version

すると、$bedtools v2.17.0 と、返してくれる。

あああ～、昨日の午後から、今日の今までかかって、やっとインストールができましたよ、

はぁぁぁ。

この失敗が、せめて誰かのお役にたてればいいのだけれども。

(T_T)

参考にしたHPは
http://bi.biopapyrus.net/transcriptome/map/format-convert.html

ここにも何かとお世話になっております。感謝です。

cygwinの設定

cygwinインストールのその後。

cygwinを起動し、

http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/installation.htmlから、bedtoolsをダウンロードするためのコマンドを入れる。

curl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.2．25．0.tar.gz > BEDTools.tar.gz

なにやら出てきた。

 ふむ。では展開するためのコマンドを入れてみる。

tar -zxvf BEDTools.tar.gz

すると、

が～ん。(-_-)　いやいや、gzipじゃないとか言われても、gzipのはずだし。
ファイルが壊れているのかな？


う～ん、仕方がないので、まずは、作業中のディレクトリを確認してみるため以下のコマンドを打ってみる

pwd

ふむ。/home/るまんどにいることがわかる。


ディレクトリの中のファイルを確認してみる。隠しファイルも全部見せてもらう。ので、ｌｓに、-aFをつける。

ls -aF

みると、 BEDTools.tar.gzは、ちゃんと入っているんですけど・・・・。仕方ないので、一度、このファイルを消去してみます。

 rm BEDTools.tar.gz

もういちどcurl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.2．25．0.tar.gz > BEDTools.tar.gzとtar -zxvf BEDTools.tar.gzを入れてみたけど、やっぱりだめだ。


やぱり、ファイルが壊れておるのか？

参考にさせていただいたHP
http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/installation.html
http://homepage2.nifty.com/nandemoarchive/pasokon/cygwin.htm

cygwinとPleiades （プレアデス）＋Eclipseのインストール

いろいろありましたが・・・、研究ブログ（？）を再開します。
やっぱり、ブログメモは便利かなぁと思いまして。

今は、bedtoolsをwin7で使う準備に悪戦苦闘です。
bedtoolsはバイオインフォにはかかせないツールですが、MacかLinuxでしか使えないのです。

Rで使えないものかと検索してみましたが、う～ん、ちょっとめんどくさそう。

あきらめずしつこく検索をしてみると、なんと、cygwinをインストールすれば、win7上でLinux的環境が再現できて、bedtoolsが使えるようになるというのことがわかったのね！

つくづく、研究する人々の執念というのは、すごい・・・、それを使わせてもらうだけの私ルマンドは、もう感謝しかありません。ありがとうございます。

cygwinについての詳細な解説は他のHPにお願いするとして、ルマンドが「winでbedtoolsが使えるようになるまでに、いったい何をしたのか」を書いておきます。

１）cygwinのHP（https://cygwin.com/install.html）から、６４bit版のsetup-x86_64.exeをクリック・インストールする。

２）インストールはいろいろ選べる画面がありますが、よくわからないので全部インストール。

３）時間がかかりそうなので、いったん帰宅。

４）ふたたびパソコンに戻ると、なんかだけがインストールできてないよ、の、エラー。

５）よくわからないけど、まぁ、いいか、と思って、インストールを終了させる。

６）パスを通す。これ、大事。
「コントロールパネル」→「システムとセキュリティー」→・・・・「環境変数」が出てないので「環境変数」を検索→「環境変数の編集」→「新規」で、変数に「path」、値に「C:\cygwin\bin」を設定。閉じる。

７）「The g++ compiler and make command are useful to install SAMtools, BEDtools, etc.
Hope it helps those who are stuck on windows.」という記事を読んだので、Eclipseもダウンロードする。ただし、Eclipseに関しては、日本語のやつ（Pleiades All in One 4.5.1.v20151002、http://mergedoc.osdn.jp/）を入れました。バージョンをいろいろ選べたけど・・・・、Eclipse 4.5で、C/C++、６４bit、full edition にしたよ。

８）ダウンロードしたPleiades （プレアデス）＋Eclipseを解凍する。なんか、解凍先のパス名（フォルダの位置情報みたいなもの？）が長いとうまく解凍できないことがあるらしくて（http://mergedoc.osdn.jp/#pleiades.html）、解凍先を「C:\pleiades」にして、解凍する。

９）C:\pleiades\pleiades\eclipseにアプリケーションができているので、それをクリックして、早速起動

１０）ヘルプ→更新の確認（よくわからないけど、いちおう確認）→何も出ない。後々再起動の指令

１１）なんも出ないので再び、ヘルプ→新規ソフトのインストールへ

１１）「すべての使用可能なサイト」を検索、インストール可能ないろいろが出てくる

１２）「一般ツール」、「  ビジネス・インテリジェンス、レポートおよびグラフ」「Linux用ツール」「プログラミング言語」をインストールしてみる。

１３）インストール、再起動後、さらにhttp://web-cat.cs.vt.edu/eclipse/へ飛んで、「Web-CAT Eclipse C++ Features」をインストール

14)さらにさらに再起動後、http://download.eclipse.org/releases/europa/へ飛んで、検索で出てきた「CおよびC++開発」をインストール

15)eclipseをいったん閉じて、cygwinを起動




$ curl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.2.17.0.tar.gz > BEDTools.tar.gz
$ tar -zxvf BEDTools.tar.gz









その他、参考にさせていただいたHPは、以下の通りです。

XPの場合の、cygwinのインストールとパスを通して、Eclipseのインストールまでを紹介。ただし、ワタクシのwin7環境のPleiades （プレアデス）＋Eclipseでは、インストール作業はなくて、解凍後にすぐ使えたよ

http://cs.calvin.edu/curriculum/cs/112/resources/installingEclipse/path/

日本語の参照ページ。
http://windowss7.web.fc2.com/special/cygwin/

http://qiita.com/yuwaita/items/d75ec5cf490a774d68c3

http://bio-and-info.blogspot.jp/2013/03/genome-bedtools-for-windows.html

tcsからigraphへ、だけど。

　本日の業務は、Tcsで作ったgmlファイル（でも拡張子は、graph）を、R(igraph）に読み込ませ、ラベルとか、ノードの大きさとか、エッジとかを自由にすること。


結論から申しますと、
Rには読み込めた！ｖ（＾＾）


・・・しかし自由にはならない・・・というところです。


昨日は、読み込みすらできなかったので、まぁ、進展したってことですかね。

ファイルが読み込めなかった原因は、おかしな小細工をしていたことで、
小細工しないで、ファイル名の拡張子がgraphのままで、read.graphを使って、ファイル形式はgmlにすればよかったのだよ、ということでした。



はぁぁぁ～。これで、すんなりデータを読みこんでくれました・・・。



くれました？

・・・じつは、くれてなかった。
（T_T)

何を読み込んでくれたのか、”属性”を確認したら、

list.graph.attributes(g)
#この場合返された結果：character(0)

list.vertex.attributes(g)
#この場合（ノードの属性）返された結果："data"      "id"        "label"     "graphics"  "vgj"   "label.cex" "size"      "color"     "shape"

list.edge.attributes(g)
#この場合（エッジの属性）返された結果："linestyle" "label"     "data"      "color"     "width"

え？ってかんじ。
Tcsでできていた”frequency”とか、” Weight ”とかはどこね？
o(ﾟДﾟ = ﾟДﾟ)o ｷｮﾛｷｮﾛ？

・・・ない。読み込めてない。
しかも、"label.cex" "size"      "color"     "shape"はRのデフォルトの数値が入っていると思われる。

さらに、vgjの中身は、””だけ、とか。


なんじゃこりゃぁ～

ヽ(｀Д´#)ﾉ ﾑｷｰ!!


うちのつつましい願いは、かなえてもらえないようです。
（・頻度に応じて、ノードの大きさを変えたい、グループごとにノードの色付けを変えたい）

いや、手打ちすれば、いーんですけどね。
しかしだね、40近くもノードがあるのに、手打ちするの？
エクセルの検索と置換とソート機能を駆使して、データを作り直すのかぃ？

・・・それは～、Rの利便性に反する、ちゅうーか、るまんどエラーが大頻発すると思われる。


とほほほほ。


そんな中でも、いろいろお世話になったHPを今日もご紹介いたします。

igraphのグラフオブジェクトの解説。とても親切です。
http://d.hatena.ne.jp/Rion778/20100406/1270553715

昨日紹介した竹本さんの解説をさらに、別の方が噛み砕いた感じの内容。
http://deta.hateblo.jp/entry/2013/05/01/053426

igraphのコマンド例。これ、これ。るまんどの場合は、これだったようです。
http://sphericalharmonics.blog110.fc2.com/blog-entry-13.html



ん～、igraphで、どこまで粘ればよいのだらおう？
( ´Д｀)=3 ﾌｩ

お絵描きがうまくできなくて、

今日の業務は、Tcsで描いたネットワーク図を美しくすること。

・・・しかし、できませんでした、というのが今日の報告です。
（T_T)


Tcsで描いたネットワーク図を美しくするにはCytoscopeというソフトを使えばよいらしいのですが、このような（自分にとって）未知のソフトに手を出すよりも、R（igraph）でできたほうが、かっこいいかもという色気が出まして、いろいろ試してみたのですが、・・・できませんでした。

ま、まったく最初の、TcsでOUTPUTされるgraph拡張子のファイルを、Rで読み込めないという現象が解決できないのでございます。

「拡張子はgraphだども、そもそもはgml形式だから」とTcsの説明書にあるので、んだらば、拡張子を書き換えればいいだけじゃんと思って、

拡張子をちょいちょいっと変えてRに読み込ませようとしたのですが、「いや知らんし、こんなファイル。ってゆーか、フォーマット違うと思う」というエラーが出てしまうのです。

OrL

あの～、これは、ｇｍｌと違うのですか？
マニュアルからとんだHPに記載されていたexampleをみる限り、違わないと思うのですよ？


とんと、わかりかねる。

( ﾟдﾟ )


そんな中でも、本日お世話になったHP

igraphのことがかなり詳しく載っています。スライドショーへのリンクもあります。
https://sites.google.com/site/kztakemoto/r-seminar-on-igraph---supplementary-information

gmlファイルのこと
http://www.fim.uni-passau.de/en/fim/faculty/chairs/theoretische-informatik/projects.html

ハプロタイプの網がかけない。

あ。どうも。

ハプロタイプネットワークが書けなくて困っています。

Tｃｓか、NetWorkを使えばいいことは分かったのですが、どちらを使うにも、適した形式での”ファイル作成”が欠かせません。


ところが・・・・
Tｃｓでは、phy形式のファァいる作成まではできたのに、Tcs上では「塩基配列の数が違うし」とか、「変な文字が入っているから読めない」とか、いろいろ嫌がってファイルを読み込んでくれません。塩基の長さ、違わないし。文字も変換してなおしたし。

うむむ。

NetWorkでは、ｒｄｆファイルしか受け付けないみたい？で、ｒｄｆファイルの変換の仕方がわかりかねている。


むむぅぅぅ。


今日一日で、なんかもっと考えないとできないということが分かった。
（何にもできなかった、なんていうよりは、ポジな方向で）


つーか、こんなにみんな使っているんだから、るまんどだけが使えない、なんてことが、あるはずがない。


ないですよね？
(>_<)

お役立ちHPご紹介。

ひとりって、さみしいけど、ネット上にはたくさんの親切なお友達（？）がおいでます。
実験がうまくいかなくて、夜の寒さをひしひしと感じて涙がほろりと落ちそうになっても、立ち直るヒントをくださいます。


遺伝子の業界で超有名なサイトのひとつと思われるのが、「さいとうさんちのちょいテク」

http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/techtips.html

酵素とか希釈してもいけるとか、3130のポリマーは、3●●●と同じだとか、貴重な情報が満載です。そういえば、こないだ某技術さんに、ポリマーを大びんから小ビンに移しているところを見られて、「あ・・・・見なかったことにします」と言われました。そんなにマズイことなんでしょうか？会社的にはやっぱやなのかな。1年ほどこれでやってますが、マシン的にはなんら問題はナッシングですけども。
・・・だからといってABさん、値上げとか止めてください。お願いします。ただでさえ、分析の単価は、自前でやるとアレなのに・・・。ぐすん。


それと、もうひとつ。
DNA抽出からデータ解析までをおしげもなく公開してくれているのがこの「Life is fifthdimension.」、
http://www.fifthdimension.jp/wiki.cgi?page=FrontPage


じつは、この方が講師をつとめたセミナー（遺伝子解析のもろもろを習うやつ）に参加したことがあります。・・・いつもお世話になっているHPの人だ！って気がついたのは、最近です（ひょんなことで）。ごめんなさい。今思うと、かなり丁寧な解説をされていたと思うのですが、るまんどの頭ニブすぎてピンとこなかったです。もしも今度お会いすることがあったら、HP見てます！いつもお世話になってます！！！って、声をかけてみようかと思います


・・・メイワク？　
＾＾；）


このべーさん（勝手にニックネームつけてすいません）みたいなページにしたかったんですが、るまんどは経験値足りなすぎ～なので、あきらめました。

せめて、失敗談をもりもり載せていこうかなと思っています。



やけくそではない、ぞと。