QIAGEN Multiplex PCR Kitの注意点

あ、どうも。

QIAGEN Multiplex PCR Kitには、良く似た製品がいくつかあるのをご存じでしょうか？
・・・うちはみごとに、さっきまで、ご存じなかったです。

つーか、みんな同じもの（後続品とか）だと思っていました。
（T_T)

QIAGEN のHPで、Multiplexを検索すると、９種類くらいのPCR酵素が検索されます。

以下、こんな感じで。

１）QIAGEN Multiplex PCR Kit
至適化なしに特異性および感度の高いマルチプレックスPCR


２）QIAGEN Multiplex PCR Plus Kit
高度なアプリケーションで良好な結果を簡便に実現するマルチプレックスPCR

 
３）Type-it Microsatellite PCR Kit
マイクロサテライト遺伝子座の迅速で確実なマルチプレックスPCR解析

 
４）dNTP Set and dNTP Mix, PCR Grade
For sensitive and reproducible PCR and RT-PCR

 
５）miScript Microfluidics PCR Kit
For real-time PCR profiling of miRNAs using the Fluidigm BioMark System

 
６）miScript Microfluidics PreAMP Kit
For preamplification of cDNA from low-RNA samples prior to real-time PCR miRNA analysis using the Fluidigm BioMark System



７）miScript PreAMP Pathway Primer Mix
For use with the miScript PreAMP PCR Kit


８） miScript miRNA PreAMP PCR Kit (12)
miScript PreAMP PCR Kit
For preamplification of cDNA from samples containing low RNA amounts prior to real-time PCR analysis of miRNA

 
９）Type-it Mutation Detect PCR Kit
マルチプレックスPCRにより変異を高い再現性で正確に解析


で、るまんどは、リアルタイムPCRとかはやってないので、４）以下はほとんど関係ないのです。
問題は、１）～３）・・・。うちは、きちんと使い分けていなかった可能性があ、る・・・。
およよよ、(＠_＠;)


ダウンロードできるプロトコルを比較してみたところ、
　・　premixの配合割合　同じ
　・　推奨のプライマ濃度、アニリング温度　同じ
　・　推奨のテンプレートDNA量　１）と２）は300～0.1/PCR反応、３）は200～0.1
　・　推奨のサイクル数　１）と２）は30～45、３）は20～32（テンプレート量に依存）
　・　最初の活性化ステップ　１）は95℃、15 分間、２）は95℃、5 分間、３）は95℃、5 分間
　・　推奨の最終エクステンション　キャピラリーシーケンサーを使う場合、同じ
　・　推奨の反応系　１）と２）は50μL、３）は25μL
　・　Q-solution　いずれも添付
　・　価格　１）は（１００×50μL）３．６万、２）は(100×50μ）3.05万、３）は(200×25μL）3.05万
　・　１）でもマイクロサテライトに使用可能、３）はマイクロサテライトに最適化されている、２）はマイクロサテライトを推奨していない（プロトコルを良く読むと、３）を使うように注意書きがこそっとしてる！）
　・　最大マーカー数の成功例　１）は16（ただしマイクロサテライト領域なのかどうかは不明）、２）は19、３）は10

ざっと、こんな感じ。

マイクロサテライトのみ、解析する場合には３）を使えばよいだろう、
１）の汎用性は高いので、一般的なフラグメントとマイクロサテライトを混在した解析（やったことないけど）には良いと思われるが、最初の活性化に多少時間がかかる、なんかちょっと単価が高いなど、が難点


マイクロサテライトはつまり繰り返し配列なので、３）で最適化してあるのは、繰り返し配列のPCRでエラーを起こさないように、酵素になにがしかの魔法をかけているんじゃない？


しかし、まぎらわしいわ～っ！


と怒りつつも、自分の不注意さを反省・・・。


（T＿T)