cygwinとPleiades （プレアデス）＋Eclipseのインストール

いろいろありましたが・・・、研究ブログ（？）を再開します。
やっぱり、ブログメモは便利かなぁと思いまして。

今は、bedtoolsをwin7で使う準備に悪戦苦闘です。
bedtoolsはバイオインフォにはかかせないツールですが、MacかLinuxでしか使えないのです。

Rで使えないものかと検索してみましたが、う～ん、ちょっとめんどくさそう。

あきらめずしつこく検索をしてみると、なんと、cygwinをインストールすれば、win7上でLinux的環境が再現できて、bedtoolsが使えるようになるというのことがわかったのね！

つくづく、研究する人々の執念というのは、すごい・・・、それを使わせてもらうだけの私ルマンドは、もう感謝しかありません。ありがとうございます。

cygwinについての詳細な解説は他のHPにお願いするとして、ルマンドが「winでbedtoolsが使えるようになるまでに、いったい何をしたのか」を書いておきます。

１）cygwinのHP（https://cygwin.com/install.html）から、６４bit版のsetup-x86_64.exeをクリック・インストールする。

２）インストールはいろいろ選べる画面がありますが、よくわからないので全部インストール。

３）時間がかかりそうなので、いったん帰宅。

４）ふたたびパソコンに戻ると、なんかだけがインストールできてないよ、の、エラー。

５）よくわからないけど、まぁ、いいか、と思って、インストールを終了させる。

６）パスを通す。これ、大事。
「コントロールパネル」→「システムとセキュリティー」→・・・・「環境変数」が出てないので「環境変数」を検索→「環境変数の編集」→「新規」で、変数に「path」、値に「C:\cygwin\bin」を設定。閉じる。

７）「The g++ compiler and make command are useful to install SAMtools, BEDtools, etc.
Hope it helps those who are stuck on windows.」という記事を読んだので、Eclipseもダウンロードする。ただし、Eclipseに関しては、日本語のやつ（Pleiades All in One 4.5.1.v20151002、http://mergedoc.osdn.jp/）を入れました。バージョンをいろいろ選べたけど・・・・、Eclipse 4.5で、C/C++、６４bit、full edition にしたよ。

８）ダウンロードしたPleiades （プレアデス）＋Eclipseを解凍する。なんか、解凍先のパス名（フォルダの位置情報みたいなもの？）が長いとうまく解凍できないことがあるらしくて（http://mergedoc.osdn.jp/#pleiades.html）、解凍先を「C:\pleiades」にして、解凍する。

９）C:\pleiades\pleiades\eclipseにアプリケーションができているので、それをクリックして、早速起動

１０）ヘルプ→更新の確認（よくわからないけど、いちおう確認）→何も出ない。後々再起動の指令

１１）なんも出ないので再び、ヘルプ→新規ソフトのインストールへ

１１）「すべての使用可能なサイト」を検索、インストール可能ないろいろが出てくる

１２）「一般ツール」、「  ビジネス・インテリジェンス、レポートおよびグラフ」「Linux用ツール」「プログラミング言語」をインストールしてみる。

１３）インストール、再起動後、さらにhttp://web-cat.cs.vt.edu/eclipse/へ飛んで、「Web-CAT Eclipse C++ Features」をインストール

14)さらにさらに再起動後、http://download.eclipse.org/releases/europa/へ飛んで、検索で出てきた「CおよびC++開発」をインストール

15)eclipseをいったん閉じて、cygwinを起動




$ curl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.2.17.0.tar.gz > BEDTools.tar.gz
$ tar -zxvf BEDTools.tar.gz









その他、参考にさせていただいたHPは、以下の通りです。

XPの場合の、cygwinのインストールとパスを通して、Eclipseのインストールまでを紹介。ただし、ワタクシのwin7環境のPleiades （プレアデス）＋Eclipseでは、インストール作業はなくて、解凍後にすぐ使えたよ

http://cs.calvin.edu/curriculum/cs/112/resources/installingEclipse/path/

日本語の参照ページ。
http://windowss7.web.fc2.com/special/cygwin/

http://qiita.com/yuwaita/items/d75ec5cf490a774d68c3

http://bio-and-info.blogspot.jp/2013/03/genome-bedtools-for-windows.html