curlは使えないけど、wgetはいけるのか。そしてpath

bedtoolsインストールの続き。

http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/installation.html
の、

$ curl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.2.25.0.tar.gz > BEDTools.tar.gz
$ tar -zxvf BEDTools.tar.gz
$ cd BEDTools-
$ make

では、ファイルはダウンロードできるのに、解凍ができないようなエラーが出て、何度やってもだめでした。

curlコマンドがだめなのか、2.25.0がだめなのか今はわからないけれども、
（転送の途中でファイルが壊れたりとかするのかにゃ？）

wgetコマンドの方で、2.17.0をダウンロードしてみることにしました。
（ちなみにwgetコマンド＋2.25.0ではエラーが出マフ）


wget https://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.v2.17.0.tar.gz tar xzvf BEDTools.v2.17.0.tar.gz cd bedtools-2.17.0 make

ふつーに走ってくれた・・・・。

(-_-)


なんなんだろうねぇ・・・。まぁ、いいか。


bedtoolが入っているbedtools-2.17.0/binにパスを通す

PATH=$PATH:/home/るまんど/bedtools-2.17.0/bin

export PATH

バージョンを確認してみる

bedtools --version

すると、$bedtools v2.17.0 と、返してくれる。

あああ～、昨日の午後から、今日の今までかかって、やっとインストールができましたよ、

はぁぁぁ。

この失敗が、せめて誰かのお役にたてればいいのだけれども。

(T_T)

参考にしたHPは
http://bi.biopapyrus.net/transcriptome/map/format-convert.html

ここにも何かとお世話になっております。感謝です。