cygwinの設定

cygwinインストールのその後。

cygwinを起動し、

http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/installation.htmlから、bedtoolsをダウンロードするためのコマンドを入れる。

curl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.2．25．0.tar.gz > BEDTools.tar.gz

なにやら出てきた。

 ふむ。では展開するためのコマンドを入れてみる。

tar -zxvf BEDTools.tar.gz

すると、

が～ん。(-_-)　いやいや、gzipじゃないとか言われても、gzipのはずだし。
ファイルが壊れているのかな？


う～ん、仕方がないので、まずは、作業中のディレクトリを確認してみるため以下のコマンドを打ってみる

pwd

ふむ。/home/るまんどにいることがわかる。


ディレクトリの中のファイルを確認してみる。隠しファイルも全部見せてもらう。ので、ｌｓに、-aFをつける。

ls -aF

みると、 BEDTools.tar.gzは、ちゃんと入っているんですけど・・・・。仕方ないので、一度、このファイルを消去してみます。

 rm BEDTools.tar.gz

もういちどcurl http://bedtools.googlecode.com/files/BEDTools.2．25．0.tar.gz > BEDTools.tar.gzとtar -zxvf BEDTools.tar.gzを入れてみたけど、やっぱりだめだ。


やぱり、ファイルが壊れておるのか？

参考にさせていただいたHP
http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/installation.html
http://homepage2.nifty.com/nandemoarchive/pasokon/cygwin.htm