きてません。

あ、どうも。

科研の内定ですか？

きてません。

不採択の通知もないですが、内定がない、ということはそういうことですよね？

ふふん。

雨でもちらない桜を見ながら。

カルテット見てました。

あ、どうも。一回書いとかないと、ずっと考えてしまうので。

TBSのドラマ「カルテット」見てました。
リアルタイムの時間にはほとんど間に合わなかったので、録画で。

身につまされました。いろいろ。

夢追い人の三流が、4人集まって・・・という話ですが（←公式にはたぶん違う）、


業界の”煙”が、続けることに何の意味があるのか。

食べられないパセリは、結局ゴミ箱行きではないのか。


サンキューパセリ。

家森君の言葉は、きっと多くの人には励ましに聞こえるのだろうけれど、

今のるまんどには冷たい水が体の中に入り込んで、胃の中にたまるようでした。

重くて、冷たい。体は温いのに、胃の中だけ、冷たくて重い。


ドラマの4人は、アレコレ乗り越えた仲間なので、きっとそれで、続けていけるのだと思います。

研究する人生は孤独。
学会発表は、ひとりでのろしをあげてるようなもの。

この先、私はどうしたいのだろう。


ドラマでは、20代の女の子が「人生ちょろかったアハハハハハ」と言って指輪を見せるのですが、

ああ。１０年後も、彼女はこうして笑っているのだろう。でも、彼女の中の黒いものは、笑顔で隠しきれなくなっているだろう。


煙に続ける価値はあるのか？

そんなの分かりません。

だけど、

どうしてやめないんですか？

という問いには、答えられる。

あの瞬間を知っているから。

SSRのデータ解析

お久しぶりです。

ご挨拶は、そこそこに、SSRのデータ解析の覚書をば（だって、ごちゃごちゃ言っている間に、忘れそうで）。

解析の流れとしては、

個体ベースでのクラスタリング（きれいな図でout put）→適切なK（集団数）の判定→集団の遺伝的距離→集団の系統樹　を示したい。



まいどのごとく、お世話になったHPは、以下の通りです。

★主にSTRUCTURE用のデータセット作成に関して。その他のソフトへの入力データ作成の方法も親切に教えてくれます。
http://noah.ees.hokudai.ac.jp/envmi/lab_higashi/manual/index.html


★遺伝子解析に関するソフト全般を広範囲に紹介。1周してからも一遍見ると、なるほど、と、思う。
https://sites.google.com/site/takayaiwasakieuotaka/software


★特にSSRの解析について。Structure→Structure Harvester→CLUMPP→distructというフローで解析するながれの紹介。CLUMPPはLinaxなのか・・・。Rで、なんとかしたい。
http://blog.goo.ne.jp/kosa_in_goo/e/75619a6a395121e44a80246cf2215eba

★その名の通り、
How to run Structure, Structure Harvester, CLUMPP, and Distruct　の流れを簡単に解説
http://populationgeneticsnotes.blogspot.jp/2013/07/how-to-run-structure-structure.html

★Tutorial of the STRUCTURE　softwareとなっていて、確かにSTRUCTUREの使い方が一番詳しいです。Kをどうやって判断するのかについても解説が分かりやすい（Evanno et al. 2005. を簡潔に解説）。from Dr. Sung-Chur Sim。
http://pbgworks.org/sites/pbgworks.org/files/Tutorial%20of%20STRUCTURE%20software.pdf



です。


特にSunさんのAn example of steps to identify the best K（スライド27枚目）では、Kのあたりをつける計算（1回目のRun)で、/10K for burnin and 50K for MCMC reps　としているところなんかは、計算時間に対するもっともらしい結果を出す計算回数のコストベネフィットが、なんかリアル。Kのあたりをつけてから、もいっかい計算（2回目。RunはRun STRUCTURE w/500K for burnin and 750K for MCMC reps 20 timesを推奨してる）とか、周りにはこんな丁寧な計算してるの見たことないんですけど・・・。最初から多めに計算して、1回で済ましてる感じが。


でも、多少の時間をかけるだけ（パラメーターセットして、あとはお茶を飲むとか追加実験するとか）なんだから、明日、提出・・・とかでなければ（オイ(´Д｀)）、確認のためにもやったほうがいいなぁ。

ちなみにうちのデータでは、Structure Harvesterで計算したΔKのグラフはこんな感じ

えっと・・。K=2ってこと？？？希望（オイ(´Д｀)）はK=4なんですけど・・・。（ちなみにK=1-10,100K for burnin and 100K for MCMC reps、1回だけ）

ふぅん。

K=2の個体ベースのグラフをWEB上の　structure plot（Structure Plot v2.0 BETA）でちょっと直してみる。　http://omicsspeaks.com/strplot2/

データセットは、

１）structure harvesterの結果ファイルの中から、K2.indfile　を探して、エクセルで開く
２）この時、データがずれないように注意（なんか（１２）とかって入ってて、ずれてた）
３）列名を”group","gene",P1,P2・・・とかにする。
４）保存形式はcsvで（古いバージョンではtxtだった）。

で、データ作成。アップロード。グラフ作成。

こんな感じ。色は好みで直せます。

下のバー（グループの表示？）の意味がいまいち分からないんだけど・・・。まぁ、いいか。

落ちたの私だ。

こちらからお借りしました。

https://store.line.me/stickershop/product/1058767/ja

かわいいので使いたいけど、ワタクシLINEも使えないので・・・、お好きな方はぜひ。
宣伝したので許してください。

科研費落ちたの私だ。

でもって、

公募落ちたの私だ。

も、私だ。


もう何回も何回も落ちてる。

=3=)



↑
これ書いた後に、ちょっとぐぐったら、巷（ってゆーか、この業界界隈ですけど）ではやっていて、びっくりしました。

そうか、考えることはみな同じか。
(-_-)


ふふん、だ。

こちらからお借りしました。

https://store.line.me/stickershop/product/1061073/ja

他人事ですけれども。

https://jrecin.jst.go.jp/seek/SeekTop

どうも、るまんどです。

４月からのささやかな転職が決まっているとはいえ、J-rec（イノベーション創出を担う研究人材のためのキャリア支援ポータルサイト）を見るのが日課です。

長年お世話になっておきながら、ｊ－recのサブタイトル？、初めてちゃんと見た・・・。


で、昨日のj-rec in で、すちゃっと検索すると、なにやらずらずらっと出てきたのが「卓越研究員」という単語。募集している大学も分野もいろいろ。

なんじゃらほい？とずるずるたどってみると、文科省が開始した「優れた若手研究者が安
定したポストにつきながら、独立した自由な研究環境の下で活躍できるようにするため」の制度です、ということが分かりました。

文科のHPはここ。
http://www.mext.go.jp/a_menu/jinzai/takuetsu/index.htm


既存のテニュアトラック制度と何が違うのか・・・？文科省の補助はどちらも出るようですが・・・。
たぶん、卓越研究員だと、受け入れ先が民間の研究機関も含まれているところが一番違うんだと思います。

http://www.mext.go.jp/a_menu/jinzai/takuetsu/__icsFiles/afieldfile/2016/03/28/1366525-1_2.pdfより一部抜粋。


大学にとってはたぶん、テニュアと同じと思われる。テニュアでとれなかったポストが、卓越研究員制度では採択になっている・・・感じがする。


卓越研究員制度の説明で何度も出てくるのが、「優れた若手」という単語。


特に優れてもいないし、若手と言うには微妙なお年頃になっているるまんどにはそれこそ他人事ではありますが（あきらめちゃうのか、自分）、


リーダーばっかり増やしたって、船は沈むだけじゃないのか？とか言ってみる。


とうのたったテクニシャンも安定したポストがほしいです。「私たちも、日本の研究活動を支えている」という自負があります。



ふぅ。いつもより、大きめ太めの文字でゆってみました。
=3=)

投稿規定・・・・が？

どうも。

投稿予定のジャーナルの投稿規定を一応確認してみたんですが、ファイル形式の指定がないのです（苦笑い）。

あらら。当たり前すぎるから指定しない？電子化が遅れているのか？ま、まさか。

ま、一般的に考えて、MS Word か PDFならOKだと思うんだけれども、


TeX/LaTeX 形式を認めているところもありました。
http://www.natureasia.com/ja-jp/nchem/guide-to-authors/submit



るまんどは、原稿作成の際にはMSを常用しているのですが、Excelからの表の挿入に手間取っておりまして・・・。

１ページを使うような大きな表なのですが、表を載せるその１ページだけ横にしたりとか、その表を１ページにうまくおさめることができないでいました。
あちこちのHPをけっこうみたんですけど、るまんどのケースを改善してくれる方法は見つからず。

なので、電子ファイルの形式でPDFが特に問題なければ、
１）Excel中で、エクスポート→PDFドキュメントの作成
２）本文その他の原稿についても、Wordの中で、エクスポート→PDFドキュメントの作成する
３）Adobeの中で、１）、２）のファイルを開いて、挿入とかする。

で、原稿をひとつにまとめようと思って。



JSTが作成した学会が電子投稿の規定を決める際に有効なガイドラインがありました。
https://jipsti.jst.go.jp/sist/handbook/sist14/sist14.htm

あと、Natureのやつ
http://www.nature.com/nature/authors/gta/2a_Manuscript_formatting.pdf


ま、Natureなんかには出しませんけどね。
（↑、なんか、とかいって、もちろん、出せませんけどね、が正しい）


あ、ExcelからWord形式にできる機能ってないですね。あってもいいですよね？あったら便利だと思う！は０い。

春の・・２。

”アベック”を知らない子供たちさ♫・・・・たぶん。

ピクトサンを拝借したHP　http://pictogram2.com/

るまんどの通勤・帰宅途中にちょっとした公園がありまして、いろんな方の憩いの場になっておるのですが、

先日、薄暗くなった夕方に通りがかったら、高校生のアベックがすんごいいちゃついておりましたわ！
制服が確認できたので・・・、高校生やと思ったんですが、もしかして、ちゅ、中学生かも？


いや別にね、高校生･中学生がいちゃついていてもいいんですけど、


君たち！見られてるよ！見えてないと思ってるかもしれんけど、この通りからはすんごいよく見えちゃってるのよ！！！みんな見てるよ！

は、は、恥ずかしいわ。

先を歩いていたおじさんは二度見していたよ。

自分のお子と思ったか？




いちゃつくなら、他人から見えないところでやりなさい。
もちろん、るまんどが親なら、2人を引き離します。

悔しかったら、「ペッパー警部」♫　を振り付け完コピで歌えるようになってから、おいでなさい。



どうでもいいことついでに、

るまんどの夢は、喫茶店のオーナーになることです。
店の名前は、「ハローｸﾞｯﾊﾟｲ」です。紅茶のおいしい喫茶店です。
定食もおいしいです。うちは作りません。

雇われマスターに、
「オーナー、またですか？」と、言われつつ、時間外にまかないをつくってもらうんです。ハウスワインもつけるんだ～。



というわけで（？）、４月からはささやかな転職をいたします。引っ越しはしないことにしました。少しお給料が良くなりますが、いろいろデユゥーティーも発生します。少し貯金もしたい。

どうなりますことやら。