そこからですか？のバイオインフォ：ご存知ですか、Maser。

あ、どうも～。

バイオンフォのwebプラットフォームといえば、GalaxyとかDDBJが主なんですけど、偶然見つけたこのMaserもけっこうすごいです。

http://cell-innovation.nig.ac.jp/index.html

http://cell-innovation.nig.ac.jp/public/contents/service.html

＜データ解析拠点では、次世代シーケンサー（NGS）によるデータを解析するためのNGS解析プラットフォームを提供しています。＞


ということで、パイプラインがいろいろあります。

DDBJが、パイプラインとかまったく意識してない系で、全体としては使い勝手が悪い上に、assemblyしかできないとかなんでなんだろうと思っていたんですが、

こういうのをひっそり作っていたんですね。

へぇ～。

du　novo ゲノム解析のほうはSOAP de novoとplatanusが使えます。RNAのほうは・・・trinity1択みたいです。あと、Preprocessingなんですが・・・ん？Flexbarだけ？初耳です。ちょっと勉強します。

ん～。

しいていうなら、analysisのsummaryの内容が、わりと雑で、name=summary の表記がけっこうあります。platanusはnameもsummaryもplatanusとしか書いてないので、assembleとかで検索しても出てきません。こういうのって、結構、困る。

すごいのは、解析の軌跡が視覚的にわかりやすいところです。これはすごいこだわって作ったんだな、っていうのはよくわかります。 パイプラインももちろん充実しているので、というか、パイプラインを使うことが前提みたいです。ま、でも、るまんどは、個別にツールを使いますが。

あと、コマンドがみられて、ある程度の細かい設定が可能です。これもこだわりですね。

それと、Uniprot blastxができるのがすごいです。blast2GOだと、ずっとつなぎっぱなしじゃないといけないし、時間かかる上に、手元に大量のデータファイルができるのがちょっとこまるんですが、maserだとそんな心配も必要なし。

 ということで、web解析は、DDBJ、Galaxy、Maserの3択で、いまのとこ、maserって、けっこういいのでは？！という感じです。

そこからですか？のバイオインフォ～BioLinuxを入れてみた。

あ、どうも～。
報告書を書いて、ひといきついたので、BioLinuxを入れてみました。

参考にしたのはいつもの、門田先生の講義ファイルです。


すごい。門田先生のこのファイルを参考にすれば、るまんどでも、ちょっと苦労すればインストールできますよ。

苦労・・・、そう結局、ovaファイルではいろいろうまくいかなくて、isoファイルからのインストールで、何とかなりました。

さらに、なぜか、win7（ホスト）とBioLinuxでフォルダの共有がなかなかできなかったのです。先生のファイルどおりのはずなのに。でも、なんやかんややっているうちに（isoファイルからのインストール含め）、再起動とかして、いつのまにかできていました。不思議です。やれやれ。

それにしても、このBioLinuxのすごいところは、Galaxyもインストール済みなことです。すごいです。

しかし、困ったことに、BioLinuxのGalaxyには、デフォルトでtrimmomaticが入っていません。tool shodから、取り込めばいいことまではわかったのですが、なんどやっても取り込んでくれません。なぜですか？

addminの作成まではできているのに。なんかコマンドをうって、つなげる（Pathを通すってやつ）のが必要らしいのですが、「そんなファイルとかないし、知らんし」というエラーがでます。しくしく。

あ、ちなみに、BioLinuxのmanagerのPWはmanagerです。
るまんどはこれがわからずに、ずっとずっとひとりで泣いていました。
HPをちゃんと読めば書いてあります。

Start the VM and if you see a log-in screen, log in as user manager with password also manager.

 http://environmentalomics.org/bio-linux-installation/

やれやれ。