そこからですか？のバイオインフォ：ご存知ですか、Maser。

あ、どうも～。

バイオンフォのwebプラットフォームといえば、GalaxyとかDDBJが主なんですけど、偶然見つけたこのMaserもけっこうすごいです。

http://cell-innovation.nig.ac.jp/index.html

http://cell-innovation.nig.ac.jp/public/contents/service.html

＜データ解析拠点では、次世代シーケンサー（NGS）によるデータを解析するためのNGS解析プラットフォームを提供しています。＞


ということで、パイプラインがいろいろあります。

DDBJが、パイプラインとかまったく意識してない系で、全体としては使い勝手が悪い上に、assemblyしかできないとかなんでなんだろうと思っていたんですが、

こういうのをひっそり作っていたんですね。

へぇ～。

du　novo ゲノム解析のほうはSOAP de novoとplatanusが使えます。RNAのほうは・・・trinity1択みたいです。あと、Preprocessingなんですが・・・ん？Flexbarだけ？初耳です。ちょっと勉強します。

ん～。

しいていうなら、analysisのsummaryの内容が、わりと雑で、name=summary の表記がけっこうあります。platanusはnameもsummaryもplatanusとしか書いてないので、assembleとかで検索しても出てきません。こういうのって、結構、困る。

すごいのは、解析の軌跡が視覚的にわかりやすいところです。これはすごいこだわって作ったんだな、っていうのはよくわかります。 パイプラインももちろん充実しているので、というか、パイプラインを使うことが前提みたいです。ま、でも、るまんどは、個別にツールを使いますが。

あと、コマンドがみられて、ある程度の細かい設定が可能です。これもこだわりですね。

それと、Uniprot blastxができるのがすごいです。blast2GOだと、ずっとつなぎっぱなしじゃないといけないし、時間かかる上に、手元に大量のデータファイルができるのがちょっとこまるんですが、maserだとそんな心配も必要なし。

 ということで、web解析は、DDBJ、Galaxy、Maserの3択で、いまのとこ、maserって、けっこういいのでは？！という感じです。