Rで平均値を求めたいだけ。

あ、どうも。

Rって、便利なんですけど、データの入力を自己流でやっていると、データ処理をする時にいろいろ困ることがあります。いや、そんな変な入れ方はしてないんですけど、

このデータセットの、cont1-3の平均値と、exp1-3の平均値を出したいのよ、というだけなんです。

R業界的には、列をまとめて計算してくれるapply関数とかって、あるんですけど、

このapplyは、データセット（上記の場合はｘ）ごと計算することが前提のようなので、cont1-3でデータセット作り直して計算、exp1-3のデータセット作り直して計算・・・・しないといけないのか、と。それをまた、ひとつのデータセットに再編成？

（n´Д｀）ハー　めんどくさ。

ん～っと、思って、なんかいろいろ検索してみたところ、昨日のdplyrパッケージの中に、mutate関数というのがありまして、変数を増やせる・・・つまり、計算値を列に入れることができるのであるようなのです。

すんごい簡単にできました・・・・。

平均値を３で割って、手？計算してるところは、コマンド的にちょっと不細工なんですが、あまりの簡単さに拍子抜け。基本をあなどってはいけないよ、お嬢さん！

Rって、やっぱ便利。すごいわ。

この場合でmean関数とかが、うまいこと使えなかったのですけど、

計算したい列が3つ以上あったら、平均値のコマンド書くの逆にめんどくさいかな。わる10とか。

いや、コマンドが2行ですむなら、安いもんだ？

あ、でもこれ、列を書き足ししたいなら、x,　x2,　x3と、どんどん増えちゃうね・・・・。

いや、ちょっとまてよ、一回ですませれば・・・

あら、すっと、まとめてできちゃった。

てへ。

(^_-)

いつになく、冴えてるぅ。

apply関数についての超有名どころの参照ページ　

http://takenaka-akio.org/doc/r_auto/chapter_07_apply.html

http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/24.html　などなど

ｄｐｌｙｒに関しては、こちらなど。

http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/13539_9391f54271b54222a507fe8ec110d4af.html

「mutateは列を追加する。

似たような働きをする関数にplyrパッケージのtransformがあるが、mutateは新しく追加した列を同一操作内で指定できる。こちらの方が便利なのでmutate使いましょう。」

だそうです。

ふむふむ。

Rで数える

最近、自分の話をしすぎた感があるので、解析で直面したRのお話をひとつ・・・。

上のデータは、遺伝子の発現量の値だと思って下さい。cont1-3はコントロール飼育、exp1-3は実験処理をした個体です。データは、コピペコマンド（x＜-read.delim("clipboard") #windonws）で、持ってきました。実際は5万データとか扱うので、データ読み込みは、data.tableパッケージのfreadとかを使います。

何がやりたいか？

遺伝子が重複していないか調べたいんです。

→UCSCでもensembleでも、ダウンロードしたデータの遺伝子名に重複があることがあります。IDは違うんだけど、遺伝子名は同じなのよ、みたいな。

で、plyrパッケージのcountコマンドを使って、重複している遺伝子があるのか数えてみたわけです。

ふむ。なるほど。この場合、gene4-8に重複があったのだな。

で、いろいろ検索していたら、plyrパッケージ後続に、dplyrパッケージというのがあるらしくて、へーと思って、インストールしようとしたら・・・・。

パッケージ→パッケージのインストール・・・、で、示されるパッケージの中にdplyrがない（苦笑）
仕方がないので、手動で入れようとしたら、

 警告メッセージ: 
package ‘dplyr’ is not available (for R version 3.1.1) 

あれっ？

うちのRが古かったのねん・・・。

というわけで、うちのR3．1１をR3.23にアップグレードしました。


まずは、installrパッケージをインストール（→そこからかい・・・）。
インストールするために、パッケージ→パッケージのインストール→リストからinstallrを選ぶ。

で、

library(installr)

で、読み込み。

updateR()

で、アップグレードしてもらう。


再起動などなどがあって、R3.2.3が立ち上がったら、dplyrパッケージのインストールに再チャレンジ。
再々再で、インストール→インストールするパッケージ・・・・で、dplyrを選ぶ。
インストールが完了するのを待って、

count関数。

ありゃ？りゃ？
いや、ワタクシはそういう答えは、求めてない・・・・。
--;)

同じ関数でも、パッケージが違えば、使い方も違うのか～・・・、いや、でも、後続のパッケージって話なのに。こんなちょっとしたことでごねるとは。


ぶつぶつ言ってもしょうがないので、カウントしたい列名の""を消してみた。

そうこれ。それぞれの遺伝子のデータ数を数えてほしかったの。

どうやら、dplyrの場合は、カウントしたい列名を""でくくる必要はないみたい。
マニュアルを読めば、分かったことなんですが、だって、ねぇ。

ちなみに両方のパッケージが入っていると、count(x,gene)　のコマンドでは
”geneなんてオブジェクトはないけど？”的エラーが出てしまいます。


count(x,"gene")の方であれば、先出のリストを返してくれます。

ふぅん。

plyrとdplyrはどちらかをインストールしていれば、ことたりると思うのですが、もしかしたら、この関数のようにちょいちょい使い勝手が違う可能性があるよ。


コピペでRを使いこなす者は、オリジナルの方がどちらを使っているかに、左右されてしまい・・・・


解析をつらつら続けていると、読み込んだライブラリのことなんて忘れている頃に、なんでこんな簡単なところでエラーが出るのか、3日くらいわからない・・・という、哀しい目にあうんですよ。

しくしく。
T_T)

るまんどの消えた3日が、どなたかの糧となりますように。



最初に出てきたdata.tableパッケージのfreadについては、こちらなど。
https://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/datatable.html


読み込むデータサイズが小さいならこちらのコピペコマンドを参考に
(Macとwinでコマンドが違うことに注意して下さい）
http://riseki.php.xdomain.jp/index.php?R%E3%81%A7%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%83%E3%83%97%E3%83%9C%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%8B%E3%82%89%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%92%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%BE%BC%E3%82%80


ちなみに元素手帳の今週の異人の言葉は、

「私たちが相手にしているのは、無限なんだからね。ポール・エルディッシュ」

ポール、ちょっとおねぇ言葉・・・？
ポール・エルディッシュは数学者オイラーに次ぐ、論文数の多さで有名です。
エルディッシュ数、いいなぁ・・・。たとえ１るまんどあっても、別にたいした名誉ではないもんね。

http://dic.nicovideo.jp/a/%E3%83%9D%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%83%BB%E3%82%A8%E3%83%AB%E3%83%87%E3%82%B7%E3%83%A5

奨学金の話。来年度、どうするんだ・・・私。

http://www.jasso.go.jp/menjyo/tmenjyo.html



あ、どうも。

みなさんは、奨学金を受けられたことがあるでしょうか？

るまんどは、日本育英会時代の旧制度の奨学金を受けたので、「特別返還免除制度」が適応されます。現在は廃止されている制度です。・・・人材育成の面から、廃止するべき制度ではなかったと思いますが。


るまんどの研究人生は、免除職の申請しつつ、雇用条件によっては中断もあり、で、続いてきたわけですが、免除が認められるまでの道のりは

【３】在職の年数
 (1) 免除職に通算して５年以上、15年間在職しなければなりません。
 (2) 在職年数５年以上で一部特別免除が受けられます。
http://www.jasso.go.jp/menjyo/tebiki_tokubetsumenjyo.html#toiawase

ということになります。
るまんどは一部特別免除は受けられる年数は勤務しましたが、15年にはまだ足りません。

しかも、途中、給与の関係で、免除職にならなかった時期もあるので、るまんど自身の免除までの計算はなかなか複雑です。


でもって、来年度よ、来年度。
どうしよう・・・・。

お祈り封書は受け取ったものの、
ありがたいことに、別のところから、研究員としてのオファーをひとついただいているのですが、
提示された条件だと、この奨学金の免除職には該当しないんです。

うううう。

お仕事自体は、これまでの経歴をかっていただいているので、なんの問題もなく・・・・・。


相談してみるべきだとは思うのですが、雇用主（研究室）の予算あっての条件提示だと思うので、単純に勤務時間や時給を上げてもらうわけにはいかないと思うのよね。ってゆーか、月給あげてとか、そんなこと言いにくいって。


だもんで、どうやって話をしようかと思って・・・・。

お祈りの封書が来ました。

あ、どうも。

昨年の秋も深まった頃に提出した公募のお返事が来ました。

きのう。

今後のご活躍をお祈り・・・・、された・・・・。
OTL


いや、もうなれましたとも。

気にしてる場合じゃないし。

(ノд・。) ｸﾞｽﾝ


し。




うわ～ん。


(｡＞0＜｡)ﾋﾞｪｪﾝ





多少、年はくっていますが、その分、多少のことではへこたれません。
あと、あたらしもん好きなので、お勉強とかもきらいじゃないです。
”働く”のは結構好きです。

風邪を引きやすいのと、ちょっと口が悪いのは、ネックかもしれません。
それと、業績は、目を見張るほどはありません。それなりに、たまってきてはいますが・・・。

って、そ、そこや。それがネックや。


｡･ﾟﾟ･o（ｉДｉ）o･ﾟﾟ･｡うぇぇん

幸せの？黄色い元素手帳

http://www.kagakudojin.co.jp/book/b208611.html

あ、どうも。

みなさんは、手帳をお使いでしょうか？

今どき紙の手帳なんて、使わない？

ですよね～。

るまんどは、手帳は紙派です（笑）。

今年は思い切って、元素手帳を使ってみることにしました。

黄色がすてきだし、なんと言っても、このファニーな絵がイイ！

(^^)/

この手帳には、周期表はもちろんのこと、毎月の誕生石の元素記号とか、毎週の元素とか、それに関係する豆知識とか、だじゃれとか、

元素名の由来とか！

などなどがこのファニーなイラストとともに紹介されています。

もちろん、手帳としても使いやすくて、

1週間、見開き1ページが割り振られています。

ちなみに今週の偉人の言葉は、

「常識の反対は、独走的である。　田中耕一」

はい！るまんどは今日も独走してます！ぶっちぎりです！

＾＾）ノ”

インターネット上で書籍を扱っている各店舗で、購入できます～。

元素手帳のHP
http://www.kagakudojin.co.jp/special/element_diary/index.html

京都新聞の関連記事。虚構新聞ではありません。念のため。
http://www.kyoto-np.co.jp/sightseeing/article/20151130000089

査読、のその後。

あけましておめでとうございます。
今年もよい年でありますように。



さて、るまんどが引き受けた査読の続きですが、編集者からメールが来て、要するに、
「 the manuscript has been declined publication ・・・・」



ということに。
(>_<)！




編集者が、投稿者に送ったメールをそのまま転送してくれたのですが、査読者は2人だったようです。え、3人じゃないのか。うちの査読された経験ではほとんど3人だったし・・・。

自分が査読した論文の他の査読を見たのは初めてですが、とても勉強になりました。他の査読者の意見を見られるのはとてもいいことだと思います。


おおむね、るまんどと同じ意見だったので、ほっと一息です。


ただ、うちよりも、もっと丁寧に、各所で細かく意見を述べられていて、同じような指摘でも、言われる方はずいぶんと印象が違うだろうと推測します。この査読者は英語圏の方なのだろうと思いますけれども（←これはるまんどのひがみ）。こういう査読なら、結果はどうあれ、もらってよかったと思うでしょう。るまんどなら、温泉につかって、3日くらいしたら、素直に受け入れられる。

いや、私もちゃんと読みましたし、どのように言おうか、締め切りが過ぎていくのもかまわず、自分の原稿もおいといて、考えましたのよ。・・・。まぁ、いいや。


実際、この査読者の意見だと、major revisionのような印象を受けますが、


2人の査読者の意見を編集者が総合的に判断しての「掲載お断り」なのか・・・

いや、ひょっとしたら、大幅修正後の新規投稿を前提としたいったんrejectなのか・・・



ああ、今更、私が気をもんでも仕方のないことなのです。
ともかく、査読者としては掲載はできないと判断したんです、あの内容では！
(>_<)



ちなみに、掲載の有無について、最終的な決定権を持つのは編集者です。
これは業界の常識だし、ほんと、
責任のがれで言ってるのではなく、場合によっては「reviewer1は好意的、rev2は批判的だけど、rev1の意見を参考に直してくれれば掲載します」ということもあります。経験談です。



査読に関して、ブログを書いてらっしゃる日本の研究者もけっこういらっしゃいますが、この方のエピソードが面白かったです。へぇ、同業者の少ない業界では、こんなこともあるのかな、と。いやしかし、この方の業界はせますぎるような。

http://d.hatena.ne.jp/naturalist2008/20090121/1232503222