Rで数える

最近、自分の話をしすぎた感があるので、解析で直面したRのお話をひとつ・・・。

上のデータは、遺伝子の発現量の値だと思って下さい。cont1-3はコントロール飼育、exp1-3は実験処理をした個体です。データは、コピペコマンド（x＜-read.delim("clipboard") #windonws）で、持ってきました。実際は5万データとか扱うので、データ読み込みは、data.tableパッケージのfreadとかを使います。

何がやりたいか？

遺伝子が重複していないか調べたいんです。

→UCSCでもensembleでも、ダウンロードしたデータの遺伝子名に重複があることがあります。IDは違うんだけど、遺伝子名は同じなのよ、みたいな。

で、plyrパッケージのcountコマンドを使って、重複している遺伝子があるのか数えてみたわけです。

ふむ。なるほど。この場合、gene4-8に重複があったのだな。

で、いろいろ検索していたら、plyrパッケージ後続に、dplyrパッケージというのがあるらしくて、へーと思って、インストールしようとしたら・・・・。

パッケージ→パッケージのインストール・・・、で、示されるパッケージの中にdplyrがない（苦笑）
仕方がないので、手動で入れようとしたら、

 警告メッセージ: 
package ‘dplyr’ is not available (for R version 3.1.1) 

あれっ？

うちのRが古かったのねん・・・。

というわけで、うちのR3．1１をR3.23にアップグレードしました。


まずは、installrパッケージをインストール（→そこからかい・・・）。
インストールするために、パッケージ→パッケージのインストール→リストからinstallrを選ぶ。

で、

library(installr)

で、読み込み。

updateR()

で、アップグレードしてもらう。


再起動などなどがあって、R3.2.3が立ち上がったら、dplyrパッケージのインストールに再チャレンジ。
再々再で、インストール→インストールするパッケージ・・・・で、dplyrを選ぶ。
インストールが完了するのを待って、

count関数。

ありゃ？りゃ？
いや、ワタクシはそういう答えは、求めてない・・・・。
--;)

同じ関数でも、パッケージが違えば、使い方も違うのか～・・・、いや、でも、後続のパッケージって話なのに。こんなちょっとしたことでごねるとは。


ぶつぶつ言ってもしょうがないので、カウントしたい列名の""を消してみた。

そうこれ。それぞれの遺伝子のデータ数を数えてほしかったの。

どうやら、dplyrの場合は、カウントしたい列名を""でくくる必要はないみたい。
マニュアルを読めば、分かったことなんですが、だって、ねぇ。

ちなみに両方のパッケージが入っていると、count(x,gene)　のコマンドでは
”geneなんてオブジェクトはないけど？”的エラーが出てしまいます。


count(x,"gene")の方であれば、先出のリストを返してくれます。

ふぅん。

plyrとdplyrはどちらかをインストールしていれば、ことたりると思うのですが、もしかしたら、この関数のようにちょいちょい使い勝手が違う可能性があるよ。


コピペでRを使いこなす者は、オリジナルの方がどちらを使っているかに、左右されてしまい・・・・


解析をつらつら続けていると、読み込んだライブラリのことなんて忘れている頃に、なんでこんな簡単なところでエラーが出るのか、3日くらいわからない・・・という、哀しい目にあうんですよ。

しくしく。
T_T)

るまんどの消えた3日が、どなたかの糧となりますように。



最初に出てきたdata.tableパッケージのfreadについては、こちらなど。
https://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/datatable.html


読み込むデータサイズが小さいならこちらのコピペコマンドを参考に
(Macとwinでコマンドが違うことに注意して下さい）
http://riseki.php.xdomain.jp/index.php?R%E3%81%A7%E3%82%AF%E3%83%AA%E3%83%83%E3%83%97%E3%83%9C%E3%83%BC%E3%83%89%E3%81%8B%E3%82%89%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%92%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%BE%BC%E3%82%80


ちなみに元素手帳の今週の異人の言葉は、

「私たちが相手にしているのは、無限なんだからね。ポール・エルディッシュ」

ポール、ちょっとおねぇ言葉・・・？
ポール・エルディッシュは数学者オイラーに次ぐ、論文数の多さで有名です。
エルディッシュ数、いいなぁ・・・。たとえ１るまんどあっても、別にたいした名誉ではないもんね。

http://dic.nicovideo.jp/a/%E3%83%9D%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%83%BB%E3%82%A8%E3%83%AB%E3%83%87%E3%82%B7%E3%83%A5