けものドラマ見てます。

ええと、研究と関係のない話です。

ドラマを見ています。
2018年12月現在。

獣になれない私たち。

もう、好きだ！というしかない。

松田龍平も新垣結衣も。好きな役者さんで。田中圭も黒木華も！

全然、スパッと行かない展開も、ものすごいリアルで鳥肌が立ちます。

そう、そうなんだよ！そんなんなんだよ！期待通りにはいかないもんなんだ。
自分だって自分を裏切る。

ところが、最終回の1コ前なんですけど、とうとうこの二人、やっちゃって。

あらら～（期待通りに）やっちゃったか、と、思ってたんですが、

がっきーの
「間違った？」（ちょっとくびかしげ）
という最後のセリフがサイコーでした。

ああ、もう、やってもやらなくても、もやもやするんだよ～。

リアルだよ！！！


「月の輝く夜に」のシェールの「朝帰り」シーンと同じくらい、イイ！
（状況は全然、違うけど）


コウセイ君がなんかやさしかったのもよかった。
それと、雨だよ、雨！

たまらんです。

・・・・ドラマだけど、どうなるんだろう。最終回が気になりすぎる。

るまんど、研究やめるってよ。

どうも、るまんどです。

「オマエ、研究やめるの？」

隣の室長に聞かれました。 
いや、そういうんじゃないんですが・・・。

う～ん、
まぁ、この人から見れば、研究所とか大学の研究室所属でなくなることは、「研究やめる」ことになんでしょうが、

るまんどは、「辞めたるねん！」と、思っているわけではなくて、

実験とか分析するとかいうことを、もっと個人的な活動に落とし込むことができるのはないかと思っていて。
 
そもそも数年前から、異分野の研究室で働き始めてから、博士をとった専門での第一線というわけではなくなっていたので、少々、思うところもあり、

自分の専門を生かした教育をしつつ、自分の研究活動をしていけないかと思っていたところに、いろいろなタイミングが重なったことと、それができそうな仕事も見つかり、転職にいたったと。

まぁ、次の職場もいろいろ”変”みたいなんですけど・・・。
それはまた別の機会に。

一身上の都合により。

あ、どうも、るまんどです。

今月末で今の職を辞めることになりました。
なんというか、一身上の都合、としか言いようのない理由であります。

ひとは・・・、どんなところで退職届を書くんでしょうか。
真夜中の薄暗いキッチンとかね、そんなイメージです。
るまんどは実験の合間に 実験台で書きました。

退職届は自筆で書くんですよ？あと、印鑑おします。最後に。
んでもって、ほんとに「一身上の都合により・・・」と、書くんです。

会ったこともない理事長あてに書きました。

そういえば、退職届を書いたのは3回目くらいです（笑）。
縦書きで、と、言われた研究所もありました。へぇ～。今回は横書きでした。

感慨は・・・。
お世話になったなぁという感じです。
異分野の研究室だったので、即戦力とはいきませんでしたが、るまんどの特殊技術が少しはお役に立てたでしょうか。

春先には、また働き始めます。
ただ、・・・みなさん「ほんとにそこで働くん？」とおっしゃいます。
労働時間が増える割にはお給料は少しだけしか増えません。
あと、離職者が多いのも事実。

これまでずっと研究畑にいたるまんどですが、教育系の職につくことになりまして。
「そんなとこでは教育歴にはならんよ」とも言われましたが、ん～、そうかな、そんなことないと思いますが。専門は生かせる感じがするので、楽観的に考えてます。
いちおう正規雇用なので、毎年ぎこちなく更新をむかえることもないし、5年ごとに人生を考えさせられることもない・・・はず。


転職の決心は、いろいろで、
今の先生の研究がひと段落したこのタイミングと、
在職5年までにはもう1年あるけれど、
教育もやりたいなぁと思っていたのもホントだし 、
公募が出て、通った、ということとか。

バイオインフォはこつこつ続けていきたいと思います。機会があれば授業にも取り込んでみたいです。

そこからですか？のバイオインフォ：ご存知ですか、Maser。

あ、どうも～。

バイオンフォのwebプラットフォームといえば、GalaxyとかDDBJが主なんですけど、偶然見つけたこのMaserもけっこうすごいです。

http://cell-innovation.nig.ac.jp/index.html

http://cell-innovation.nig.ac.jp/public/contents/service.html

＜データ解析拠点では、次世代シーケンサー（NGS）によるデータを解析するためのNGS解析プラットフォームを提供しています。＞


ということで、パイプラインがいろいろあります。

DDBJが、パイプラインとかまったく意識してない系で、全体としては使い勝手が悪い上に、assemblyしかできないとかなんでなんだろうと思っていたんですが、

こういうのをひっそり作っていたんですね。

へぇ～。

du　novo ゲノム解析のほうはSOAP de novoとplatanusが使えます。RNAのほうは・・・trinity1択みたいです。あと、Preprocessingなんですが・・・ん？Flexbarだけ？初耳です。ちょっと勉強します。

ん～。

しいていうなら、analysisのsummaryの内容が、わりと雑で、name=summary の表記がけっこうあります。platanusはnameもsummaryもplatanusとしか書いてないので、assembleとかで検索しても出てきません。こういうのって、結構、困る。

すごいのは、解析の軌跡が視覚的にわかりやすいところです。これはすごいこだわって作ったんだな、っていうのはよくわかります。 パイプラインももちろん充実しているので、というか、パイプラインを使うことが前提みたいです。ま、でも、るまんどは、個別にツールを使いますが。

あと、コマンドがみられて、ある程度の細かい設定が可能です。これもこだわりですね。

それと、Uniprot blastxができるのがすごいです。blast2GOだと、ずっとつなぎっぱなしじゃないといけないし、時間かかる上に、手元に大量のデータファイルができるのがちょっとこまるんですが、maserだとそんな心配も必要なし。

 ということで、web解析は、DDBJ、Galaxy、Maserの3択で、いまのとこ、maserって、けっこういいのでは？！という感じです。

そこからですか？のバイオインフォ～BioLinuxを入れてみた。

あ、どうも～。
報告書を書いて、ひといきついたので、BioLinuxを入れてみました。

参考にしたのはいつもの、門田先生の講義ファイルです。


すごい。門田先生のこのファイルを参考にすれば、るまんどでも、ちょっと苦労すればインストールできますよ。

苦労・・・、そう結局、ovaファイルではいろいろうまくいかなくて、isoファイルからのインストールで、何とかなりました。

さらに、なぜか、win7（ホスト）とBioLinuxでフォルダの共有がなかなかできなかったのです。先生のファイルどおりのはずなのに。でも、なんやかんややっているうちに（isoファイルからのインストール含め）、再起動とかして、いつのまにかできていました。不思議です。やれやれ。

それにしても、このBioLinuxのすごいところは、Galaxyもインストール済みなことです。すごいです。

しかし、困ったことに、BioLinuxのGalaxyには、デフォルトでtrimmomaticが入っていません。tool shodから、取り込めばいいことまではわかったのですが、なんどやっても取り込んでくれません。なぜですか？

addminの作成まではできているのに。なんかコマンドをうって、つなげる（Pathを通すってやつ）のが必要らしいのですが、「そんなファイルとかないし、知らんし」というエラーがでます。しくしく。

あ、ちなみに、BioLinuxのmanagerのPWはmanagerです。
るまんどはこれがわからずに、ずっとずっとひとりで泣いていました。
HPをちゃんと読めば書いてあります。

Start the VM and if you see a log-in screen, log in as user manager with password also manager.

 http://environmentalomics.org/bio-linux-installation/

やれやれ。

そこからですか？のバイオインフォ：DDBJとGlaxyの比較

ええと、今日は、次世代シーケンスデータ解析をweb上でやろうとして、DDBJとGlaxyを両方触ってみての雑感を書きます。もしもあなたが、非モデル生物のRNA-seqやDNA-seqの生データを手に入れてしまったら、QCチェック→filtering→QC再チェック→assemble・・・って進むと思いますが、

１） web解析をするならまずはHPにデータをあげなければなりません。DDBJもGlaxyもメールでのユーザー登録をしないと大きなデータは扱えません。DDBJは公のアドレスじゃないとだめですが、Galaxyはgmailでもいけました。 フリーの身にはGalaxyしか使えません。

２）データがUPしやすい、あげかたがわかりやすいのは、galaxyですが、FTPを使うなら、DDBJとGlaxyで差はないです。自分がどのFTPソフトを使うかが重要。３Gとか大きいデータを使うことが多いと思うので、FTPは必須。ただ、DDBJでは使える容量に制限はないようなのですが、Glaxyは200Gと決められているので、RNA-seqの解析とDNAの解析は、容量足りなくていっぺんにはできません（でした）。

３） データの前処理は、galaxyの方が選択肢が多い・・・、言い換えればちゃんと勉強しないと何を使えばいいのか分かりません。他の論文と同じ方法で、変数変えたりやろうとするならGalaxyの方がいいです。DDBJではPreprocessingで適当にやってくれる感じで、ソフトの選択肢はない（数値は変えられます）・・・。FastQCはgalaxyでしか使えない。DDBJでもQCレポートは出してくれますが、簡素なもの。

４）DDBJは分割されたデータをmergeして解析するのが楽です。ぽちぽち選ぶだけだから。Galaxyでは、どうすればいいのか、私にはわかりませんでした・・・（データファイルをまとめてデータセットを作って解析させても、データファイルごとの結果が出てきてしまった）。

５）同じTrinityを使うなら、Galaxyの方がだんぜん早い。

６）RNA-seq処理のソフトの選択肢が多いのはGalaxyです。ただ、頻繁に新しいソフトがアップデートされ、古いのが亡くなっていくので「え？こないだまで使えたアレはいたいどこ？？」ということになります。こういうのって、正直、ほんと困る。

７）DNAのassemblerの選択肢はDDBJの方が豊富。しかもPlatanusが使えるのはここだけ。Galaxyでは、もうバクテリアのassembleしかできないようです・・・。CPUが大変だから（←素人発言）？


 私の場合、発現量変動の解析はRでやるつもりなので、こんな感じでしょうか。

はぁ。

そこからですか？のバイオインフォ：DDBJとGalaxyにお願い。

あ、どうも。
「こんな感じで研究できました。お金くれてありがとう」という報告書をなんとか書きあげました。計画の６割くらいしかできなかったのを、ものは言いようで書きました。20行くらいに凝縮した「結果報告」ですが、ここ半年の、るまんどの涙と鼻水（風邪と花粉症）と睡眠時間短縮（ふきでもの出ました）のたまものです・・・。

4月に入ってから、DDBJが止まってしまい、解析がrunしない上にデータも受け付けなくなってってゆーか、解析のページにアクセスすらできなくなって、Galaxyもメンテとかでなかなか解析が進まなくなって、もう逃げるしかないのかと思いました。

締め切りが足音をたててそこまでやってきているのに、DDBJとGalaxy両方が使えない状況になるなんて想像もしてなくて、web解析頼みの恐ろしさを痛感しました。

こんな状況だったので、計画の6割の成果でも、自分で自分をほめてあげよう（お金くれた人はたぶん、怒ってるってゆーか、がっかりしてると思うけど）。

DDBJ はまだ調子悪いみたいで、runが終わっているのに、結果のファイルができていなかったりします。・・・特定のソフトウエア（？）だけかもしれないんですが。てか、こういうシステムこそ、国家予算でちゃんとメンテしてしてほしいです。実情を聞き及ぶに、 まじか・・・と思います。人もお金もちゃんとつけてメンテしてほしい。現場はシーケンサー代でぎりぎりだし、シーケンス自体は委託するので解析くらいは自分で気軽にやりたいとも思っています。webで解析できるなら、じゃ、次世代シーケンスやってみようって、普及していくと思うんです。入り口としては必須です。。