ひとりって、さみしいけど、ネット上にはたくさんの親切なお友達(?)がおいでます。
実験がうまくいかなくて、夜の寒さをひしひしと感じて涙がほろりと落ちそうになっても、立ち直るヒントをくださいます。
遺伝子の業界で超有名なサイトのひとつと思われるのが、「さいとうさんちのちょいテク」
http://cse.fra.affrc.go.jp/ksaitoh/techtips.html
酵素とか希釈してもいけるとか、3130のポリマーは、3●●●と同じだとか、貴重な情報が満載です。そういえば、こないだ某技術さんに、ポリマーを大びんから小ビンに移しているところを見られて、「あ・・・・見なかったことにします」と言われました。そんなにマズイことなんでしょうか?会社的にはやっぱやなのかな。1年ほどこれでやってますが、マシン的にはなんら問題はナッシングですけども。
・・・だからといってABさん、値上げとか止めてください。お願いします。ただでさえ、分析の単価は、自前でやるとアレなのに・・・。ぐすん。
それと、もうひとつ。
DNA抽出からデータ解析までをおしげもなく公開してくれているのがこの「Life is fifthdimension.」、
http://www.fifthdimension.jp/wiki.cgi?page=FrontPage
じつは、この方が講師をつとめたセミナー(遺伝子解析のもろもろを習うやつ)に参加したことがあります。・・・いつもお世話になっているHPの人だ!って気がついたのは、最近です(ひょんなことで)。ごめんなさい。今思うと、かなり丁寧な解説をされていたと思うのですが、るまんどの頭ニブすぎてピンとこなかったです。もしも今度お会いすることがあったら、HP見てます!いつもお世話になってます!!!って、声をかけてみようかと思います
・・・メイワク?
^^;)
このべーさん(勝手にニックネームつけてすいません)みたいなページにしたかったんですが、るまんどは経験値足りなすぎ~なので、あきらめました。
せめて、失敗談をもりもり載せていこうかなと思っています。
やけくそではない、ぞと。
火曜日, 1月 19
KOD_FXのこととか。
実験覚書として始めたブログですが、長いこと放置してしまった・・・。
スンマセン。
今日は、TOYOBOのKOD_FXのお話です。
実験友達に薦められて使い始めたのですが、
結論から言うと、「某TKR exTaqでPCRがうまくいかなかったサンプルでも、PCRできるようになる!!!」です。特に、お魚のサンプルで有効です。DNAゾルダイレクトでの抽出液でもそのままテンプレートとして使えますた。すばらしい!
調子に乗って、他のサンプルもPCRしてみたら・・・
@@;)
PCRの後の液中に、なんかこう、どろっとしたもんができあがってしまいました。スライムみたいなやつです。びっくりしたよ、もう。しかも、PCR成功率は25%くらいに激減。
えー。
==)
いろいろ検索してみると、PCR時間が長くなると、KODのバッファーのせいで?PCR液がとろみを帯びてくるみたいです。でも、イマドキのチューブだからふたもしっかりしてるはずだし、水分がとぶからとか、考えにくいのですが・・・。もしかすると、うちのサンプルに糖類?が多いせいかもしれません。
はっきりしたことは分かりませんが、2匹目のドジョウはなかなかつかまらない、ってやつですな。
ふむ。
スンマセン。
今日は、TOYOBOのKOD_FXのお話です。
実験友達に薦められて使い始めたのですが、
結論から言うと、「某TKR exTaqでPCRがうまくいかなかったサンプルでも、PCRできるようになる!!!」です。特に、お魚のサンプルで有効です。DNAゾルダイレクトでの抽出液でもそのままテンプレートとして使えますた。すばらしい!
調子に乗って、他のサンプルもPCRしてみたら・・・
@@;)
PCRの後の液中に、なんかこう、どろっとしたもんができあがってしまいました。スライムみたいなやつです。びっくりしたよ、もう。しかも、PCR成功率は25%くらいに激減。
えー。
==)
いろいろ検索してみると、PCR時間が長くなると、KODのバッファーのせいで?PCR液がとろみを帯びてくるみたいです。でも、イマドキのチューブだからふたもしっかりしてるはずだし、水分がとぶからとか、考えにくいのですが・・・。もしかすると、うちのサンプルに糖類?が多いせいかもしれません。
はっきりしたことは分かりませんが、2匹目のドジョウはなかなかつかまらない、ってやつですな。
ふむ。
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けものドラマ見てます。
ええと、研究と関係のない話です。 ドラマを見ています。 2018年12月現在。 獣になれない私たち。 もう、好きだ!というしかない。 松田龍平も新垣結衣も。好きな役者さんで。田中圭も黒木華も! 全然、スパッと行かない展開も、ものすごいリアルで鳥肌が立ちます。...
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お久しぶりです。 ご挨拶は、そこそこに、SSRのデータ解析の覚書をば(だって、ごちゃごちゃ言っている間に、忘れそうで)。 解析の流れとしては、 個体ベースでのクラスタリング(きれいな図でout put)→適切なK(集団数)の判定→集団の遺伝的距離→集団の系統樹 を示し...
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最近、自分の話をしすぎた感があるので、解析で直面したRのお話をひとつ・・・。 上のデータは、遺伝子の発現量の値だと思って下さい。cont1-3はコントロール飼育、exp1-3は実験処理をした個体です。データは、コピペコマンド(x<-read....
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今日の業務実績をご報告。 TCSでハプロタイプネットワークがかけました! やったね! v(^^)v とにもかくにも、原因は、phyファイルやNEXUSファイルが、Tcsの読めるように書けない、ということでした。原因と解決法の覚書は、以下。 ・塩基数が間違っていた→...